La geología del Geoparque Manantiales Serranos permite reconstruir la evolución tectónica regional desde el Neoarqueano hasta el Cuaternario, representada por una diversidad de litologías, grados de metamorfismo, elementos estructurales (pliegues, zonas de cizalla, fallas, fosas tectónicas), registros fósiles, recursos minerales (metálicos y no metálicos), hidrogeología y formas del paisaje dominadas por colinas y serranías.
El Geoparque Manantiales Serranos registra la historia de la fragmentación y amalgama de supercontinentes como Rodinia y Gondwana desde el Mesoproterozoico al Mesozoico, así como registros asociados al Cenozoico desde el Plioceno hasta la actualidad. El intervalo de tiempo entre el período Neoproterozoico y Mesoproterozoico es uno de los más significativos en la historia de la Tierra.
El área del Geoparque se ubica en el terreno tectono-estratigráfico “Terreno Nico Pérez”, sus límites están definidos por dos zonas de cizalla: al oeste por la Cizalla Sarandí del Yí y al este por la de Sierra Ballena.
En el sur este del área del Geoparque, se identifica la Zona de Cizalla Sarandí (Neoproterozoico) / Cizalla Sarandí del Yí – Piriápolis (Mesoproterozoic). Constituyen un megaelemento estructural. Actúa como una sutura entre el Terreno Nico Pérez, el Terreno Piedra Alta y el Terreno Tandilia.
Según el Modelo de Terranes, la edad de la zona de cizalla de Sarandí del Yí es de aproximadamente 1200 Ma, obtenida a través de la datación K-Ar de moscovitas sincinemáticas de pegmatitas cristalizadas a lo largo de los planos de empuje (1253±32 Ma), y a través de la datación 40Ar-39Ar de diques máficos deformados por la zona de cizalla, que arrojaron edades de 1370 a 1170 Ma. Está representada en el Geositio Camping Aguas Blancas, por milonitas.
El Modelo Cinturón Don Feliciano, sugiere que ocurrieron dos eventos: el primero fue dextral y relacionado con la colisión entre el Río de la Plata y el Terrane de Nico Pérez alrededor de 630-625 Ma, y el segundo fue un evento sinistral posterior que tuvo lugar entre 594 y 584 Ma.
La deformación continuó hasta 570 Ma, probablemente relacionada con la interacción de los cratones Río de la Plata-Congo y Kalahari durante la evolución de los cinturones Panafricanos. Esta última fase está asociada al Geositio Cerro Caperuza, datado en 570,9 ± 11 Ma, que se caracteriza por ser una intrusión con poca o ninguna deformación, correlacionada con el magmatismo que produjo la formación Sierra de Ánimas.
En el área del Geoparque Manantiales Serranos se distinguen dos unidades geomorfológicas principales, las Serranías del Este y la Cuenca Tectónica de Santa Lucía. Estas unidades también forman parte de una perspectiva más integrada como las Ecozonas Serranías del Este y el Graben de Santa Lucía.
El Geoparque Manantiales Serranos se caracteriza por una importante red de drenaje que abarca tres de las principales cuencas hidrográficas del Uruguay: la Cuenca del Río Santa Lucía, la Cuenca de la Laguna Merin y la Cuenca del Río de la Plata y Frente Oceánico.
En cuanto a las aguas subterráneas en el área del geoparque, se destacan litologías asociadas a rocas carbonatadas generadoras de acuíferos kársticos, que, por su caudal y calidad de agua, se han convertido en un símbolo nacional.
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